O programa de Construção de Habitação por Mutirão e Autogestão, promovido pela Prefeitura de São Paulo na gestão Erundina, foi considerado modelo exemplar de prática bem-sucedida em política habitacional pela Secretaria de Política Urbana do Governo Federal, que decidiu incluí-lo e encaminhá-lo à II Conferência das Nações Unidas sobre o Habitat. Sofre, entretanto, orquestrada oposição da atual administração em São Paulo.
Esta tentou, com o apoio do Tribunal de Contas do Município (TCM), inviabilizar um programa que produz moradias de excelente qualidade a baixos custos, através da parceria entre a comunidade e o poder público. Não está no entanto, conseguindo destruir a proposta pois o processo social que gera o mutirão autogerido e sua superioridade como política pública são mais fortes do que determinações políticas do prefeito de plantão.
O governo municipal suspendeu em 1993 os recursos para as associações comunitárias de construção responsáveis pela gestão do mutirão, exigindo nova prestação de contas, que já haviam sido feitas pela maioria das associações. Para atrapalhar o trabalho dos mutirantes, alteraram seguidamente os procedimentos, exigindo maior detalhamento contábil e dificultando uma aprovação rápida. De nada serviu a evidência da boa utilização do financiamento (o volume de construção superava largamente a quantidade de recursos liberados), aspecto comprovado em auditoria realizada pela própria administração Maluf em 1993. O que interessava era encontrar algum pretexto para paralisar os mutirões, que não dão dividendos políticos de caráter clientelista para o prefeito, nem contratos milionários para as poucas empreiteiras que trabalham (muito) para a Prefeitura.
Os mutirões entretanto resistiram. Heroicamente encontraram fôlego para cumprir uma burocracia desnecessária em boa parte dos casos e hoje, dos 84 convênios em andamento (os demais já concluíram as obras), apenas 2 não prestaram contas. No final de 1995, as prestações de contas de 57 associações já tinham sido aprovadas pela SEHAB e 40 pelo TCM. As demais estão em análise há vários meses, numa demora injustificável.
Fora algumas irregularidades já apontadas no Governo Erundina, que receberam à época punição adequada, nenhum problema significativo novo foi levantado. No entanto, ao paralisar necessariamente as obras, a atual administração e o TCM provocaram forte prejuízo para o erário público e para os mutirantes. Isto porque nestes três anos a erosão afetou os terrenos, infraestrutura já implantada se deteriorou, mutirantes se desestimularam, assessorias técnicas se desestruturaram, milhares de pessoas que já poderiam estar habitando em moradias dignas e pagando prestações para alimentar o Fundo Municipal de Habitação continuam abrigadas precariamente. A desorganização da SEHAB retarda ainda mais a liberação de verbas, mesmo depois da epopéia da aprovação das contas.
Mas os mutirões com todas as dificuldades, estão sobrevivendo. Alguns casos, como o Madre de Deus, conseguiu concluir as obras com excelente qualidade, mesmo sem ter recebido integralmente o valor do financiamento devido pela Prefeitura. Outros como os mutirões da Celso Garcia, Boa Esperança, Rio das Pedras, Apuana etc organizam, para evitar a total paralisação, uma difícil arrecadação de recursos entre os próprios mutirantes, esforço heróico para dar andamento ao empreendimento. Sem recursos públicos, entretanto, é difícil concluir adequadamente uma obra desta envergadura e a iniciativa da população, embora louvável e necessária frente a situação, causará grande dificuldade no cálculo do custo do empreendimento para efeito do retorno do financiamento.
Os mutirões passaram por mais um duro teste e sobreviveram, mostrando que a autogestão é uma alternativa consistente para enfrentar o problema habitacional. Embora como apontou a mutirante Lucy do Fórum dos Mutirões, em artigo do Diário Popular, as elites brasileiras desconfiam da capacidade do povo organizado em administrar recursos públicos, os mutirões demonstram que a parceria entre a comunidade e o governo garante excelentes resultados em políticas sociais.